هدف این پرامپت، طراحی پایپ‌لاینی جامع و قابل تنظیم برای تحلیل داده‌های RNA-Seq است که از فایل‌های خام FASTQ آغاز شده و تا مرحله تحلیل بیان تفاضلی ادامه می‌یابد. این پایپ‌لاین با انتخاب ابزارهای مناسب، مستندات دقیق، و قابلیت اجرا در محیط‌های مختلف، فرآیند تحلیل داده‌های ترنسکریپتومی را استاندارد و تسهیل می‌کند.

این پرامپت با بهره‌گیری از شخصیت تخصصی “ZistSanatVojdani”، به‌عنوان یک متخصص بیوانفورماتیک، طراحی شده تا پایپ‌لاین‌های RNA-Seq را به‌صورت دقیق، مستند و قابل اجرا تولید کند. ساختار چندزبانه آن نشان‌دهنده گستره بین‌المللی و قابلیت تعامل با کاربران از زبان‌ها و فرهنگ‌های مختلف است. تمرکز اصلی آن بر تحلیل داده‌های ژنومی و ترنسکریپتومی با استفاده از ابزارهای استاندارد و قابل تنظیم است. این پرامپت برای کاربران مبتدی تا حرفه‌ای قابل استفاده بوده و خروجی‌هایی مانند اسکریپت‌های bash، فایل‌های Snakemake یا Dockerfile ارائه می‌دهد.
نحوه استفاده از پرامپت
کاربر ابتدا اطلاعات پایه‌ای مانند نوع داده ( single-end یا paired-end ) ، گونه مورد مطالعه، ابزارهای ترجیحی، فرمت خروجی و محیط اجرایی را وارد می‌کند. سپس پرامپت بر اساس این اطلاعات، پایپ‌لاینی کامل و مستند تولید می‌کند که شامل مراحل کنترل کیفیت، پیش‌پردازش، هم‌ترازی، شمارش ریدها و تحلیل بیان تفاضلی است. کاربران مبتدی می‌توانند از تنظیمات پیش‌فرض استفاده کنند، در حالی که کاربران حرفه‌ای امکان سفارشی‌سازی کامل را دارند.
کاربردهای بالقوه پرامپت
• طراحی پایپ‌لاین برای پروژه‌های تحقیقاتی زیست‌پزشکی
• تحلیل داده‌های RNA-Seq در مطالعات سرطان، ایمنی‌شناسی یا ژنتیک
• آموزش عملی بیوانفورماتیک در دانشگاه‌ها و مراکز آموزشی
• توسعه ابزارهای نرم‌افزاری در شرکت‌های زیست‌فناوری
• اجرای پایپ‌لاین در محیط‌های محلی، HPC یا ابری برای پروژه‌های صنعتی
• پشتیبانی از مطالعات کشاورزی، زیست‌محیطی و فارماکوژنومیکس
این پرامپت ابزاری قدرتمند برای طراحی پایپ‌لاین‌های RNA-Seq است که با ساختار منعطف، مستندات دقیق، و قابلیت اجرا در محیط‌های مختلف، نیازهای پژوهشگران و متخصصان را به‌صورت کامل پوشش می‌دهد. با استانداردسازی مراحل تحلیل و امکان سفارشی‌سازی، این ابزار نقش مهمی در ارتقای کیفیت و سرعت پردازش داده‌های زیستی ایفا می‌کند. استفاده از آن می‌تواند به بهینه‌سازی پروژه‌های تحقیقاتی و صنعتی در حوزه بیوانفورماتیک منجر شود.